I likhet med MODY, oppstår nyfødtdiabetes på grunn av endringer i arvematerialet (mutasjoner). Det typiske for nyfødtdiabetes er at disse mutasjonene opptrer spontant, og da altså at ingen av foreldrene har diabetes. Derimot kan pasienten føre mutasjonen videre til sine etterkommere. Nyfødtdiabetes kan være forbigående (transient neonatal diabetes mellitus, TNDM) eller varig (permanent neonatal diabetes mellitus, PNDM), og kan forårsakes av mutasjoner i over 20 ulike gener. I tillegg til klassiske diabetessymptomer som økt tørste og vannlating, vil pasienter med denne diagnosen typisk ha lav fødselsvekt og problemer med å ta til seg næring. Uten riktig behandling kan utfallet være dramatisk, da det er risiko for syreforgiftning (ketoacidose).
Mutasjoner i KCNJ11, som koder for et protein kalt Kir6.2, er den vanligste årsaken til nyfødtdiabetes i Norge. Kir6.2 er en del av kaliumkanalen i de insulinproduserende betacellene. Den er koblet til insulinutskillelsen, og feil i denne kanalen gjør at mengden insulin som skilles ut blir utilstrekkelig. Andre årsaker til denne tilstanden, beskrevet i Norge, er mutasjoner i genet ABCC8, som koder for en annen del av kaliumkanalen, SUR1, samt genene GCK og INS. Flere av genene koblet til nyfødtdiabetes er assosiert med karakteristiske syndromtrekk eller systemsykdom i tillegg til diabetes.